Al parecer, la versión 9.04 de Ubuntu y la versión actual de VLC (Videolán) no se llevan muy bien, y es que los vídeos se abren en dos ventanas, una de ellas contiene el menú de navegación y otra el vídeo (XVideo Output), lo cual se hace extremadamente incómodo a la hora de reproducir vídeo a pantalla completa, al parecer esto se arregla en la versión 1.0 del navegador, pero hasta que venga, os propongo una solución rápida:

Si tenemos instalado el reproductor, lo desinstalamos, ya sea mediante el gestor de paquetes Synaptics o bien desde consola escribiendo:

~$ sudo apt-get remove vlc

Una vez hecho esto, vamos a añadir un repositorio a la lista de Ubuntu para poder instalar la versión de vlc parcheada, para lo que vamos a Sistema>Administración>Orígenes del software, y en la pestaña que pone software de terceros, añadimos la dirección:

deb http://ppa.launchpad.net/medigeek/ppa/ubuntu jaunty main

Escribimos en consola:

~$ sudo apt-key adv –recv-keys –keyserver keyserver.ubuntu.com B5140445

Y volvemos a instalar el reproductor:

~$ sudo apt-get install vlc

Y listo!, ya tenemos vlc en una única ventana.

Si deseas ahora que vlc se convierta en el reproductor por defecto del sistema operativo, basta con hacer click derecho en cualquier fichero de vídeo que queramos que utilice nuestro nuevo navegador, hacer click en Propiedades, luego a la pestaña Abrir con, y ahi seleccionamos el reproductor que deseemos.

Vía: Ubuntu forums